La Fédération comporte :

Des organes à compétence nationale générale :

1. l’Assemblée Générale ;
2. le Conseil d’Administration ;
3. le Comité de Direction ;
4. les Commissaires aux comptes ;

Des organes à compétence matérielle générale dans les limites de leur
    ressort territorial

1.  l’Assemblée Provinciale ;
2.  le Conseil Provincial ;
3.  le Comité de District ;
4.  le Comité de Territoire ou de Commune.

Des organes à compétence nationale spéciale dénommés Commissions :

1. Commission de l’Economie, Finances et Budget ;
2. Commission Juridique ;
3. Commission des Relations Extérieures ;
4. Commission Sociale ;
5. Commission de l’Industrie ;
6. Commission Agriculture et Forêts ;
7. Commission Energie ;
8. Commission des Transports ;
9. Commission des Télécommunications ;
10. Commission Hydrocarbures ;
11. Commission du Commerce et Petites et Moyennes Entreprises ;
12. Commission des Travaux Publics ;
13. Commission des Mines ;
14. Commission des Femmes Entrepreneurs.

Organes technique et de gestion administrative
Le Secrétariat Général, véritable cheville ouvrière de la Fédération qui est un organe technique d'éxécution et de gestion administrative dirigé par l'Administrateur Délégué, secondé par le Secrétaire Général. Il comprend deux Départements (Département de Promotion Economique et Département Social) dotés de Directions spécifiques ainsi que des services autonomes rattachés directement auprès de l'Administrateur Délégué et/ou du Secrétaire Général